| 1936年，我国现代神经精神病学奠基人程玉麟在当时中央大学开设精神病学课程。1937年抗日战争爆发，南京沦陷，程玉麟转至成都华西协和大学任教，同时在四圣祠成立"儿童指导中心"，约来汤铭新、林志玉共同工作。1945年，伍正谊、陈学诗、唐培根、洪士元等人先后来到，即设立精神病学教研室，并在简陋房舍中收治精神病人，作为学生实习基地。斯时同人血气方刚，雄心勃勃，心想献身精神医学事业，酝酿希冀于抗战胜利后建立全国第一家公立精神病院。 |
| 抗战胜利后，院校纷纷返迁。程玉麟医师转到岭南大学。1946年他向国民政府卫生署长朱长庚建议在南京建立一所公立精神病院，当时出于抗战之后，百废待兴，南京畿辅之地确有此需，故被获准。是年冬，邀请在上海国防医学院任职之伍正谊来南京共同筹办建院事宜。暂先借用中央医院14病区开设精神病床50张，并在中央医院大门增挂"卫生部南京精神病防治院"院牌。程玉麟任首任院长，1947年又聘来原在华西协和大学任教的陶国泰、陈学诗、唐培根、洪士元等人共同工作。同时又请来谭诚、项伟、张贤亮诸神经科医师，开设神经科床位10张。当时尚有心理学家丁赞、许淑莲，社会学家汤铭新、郑咏梅等共同工作。此即为我国第一家公立神经精神专科医院。 |
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| 此期医院选定广州路随家仓为院址，国民政府卫生署拨款法币3亿元，着手于院房建设，按120张床位设计。伍正谊主任又联系"联合国救济总署（UNRA）",拨给200张病床及成套物资。但因解放前通货膨胀、物价飞涨，加以吏治腐败、贪污中饱，故至1949年1月，实际仅建成砖木混合结构二层楼二幢，铝皮拱顶楼4幢及少数平房，总面积3181平方米。当时医院大门在随家仓小道（及清凉古道）。因害怕院房被国民党军占住，故即于1月仓促迁入新址，当时实设床位仍为50张。有职工75人，其中卫技人员35人。 |
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| 1947年9月建院初期，此举受到世界卫生组织重视，派来了当时美国精神病学会主席Karl.Bowman教授和护理专家J.Picherella前来指导工作。同时带来电休克机一台和4导联脑电图机一台，这在当时是我国最先进的首用专科医疗设备。尚带来图书资料135册，为医院成立专业图书馆奠定基础。1948年尚资助从上海来院之王慰曾以及伍正谊、陶国泰三人去美国加州大学进修有关专业，他们回国后都成为新中国第一代知名专家，为国家专业事业发展，作出了卓越贡献。 |
| 当时医院开展胰岛素休克及电休克治疗、心理治疗、社会治疗、作业娱乐治疗等，代表着国家水平。 |
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| 解放后医院先属华东军政委员会卫生部领导，1951年9月改属南京特别市卫生局领导。医院仍属南京市，当时院名为"南京精神病防治院"。1957年院长王慰曾根据医院服务对象的扩大及业务技术水平的变化，游说省市有关领导，于是年11月取得同意更改院名为"南京神经精神病防治院"。 |
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| 医院第一次大发展在国家第一个五年计划期间。先期于1952年扩大院地至100亩（66000平方米）由老院址向北、东、南发展，切断并包容了随家仓路段，重点向东发展使医院大门设在广州路上，成为现在模式。而后是新建门诊办公、男、女精神科楼共5512平方米。医院床位增至350张，职工352人。1956年，医院在国内首开儿童精神病房床位10张。1958年新建儿童病房落成，床位增至24张。 |
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| 1980年以来，陆续恢复了部级精神科进修班、儿童精神科进修班。1983年，江苏省卫生厅又委托我院开办神经科进修班及脑电图进修班。其他零散临床进修则终年不断。 |
