我院神经科始建于1947年，最初设有神经科病床10张。1952年，我院神经科病房正式建立，共设床位34张，为国内最早建立神经科和开设神经病学课程的单位之一。国内第一例气脑造影术以及第一台脑电图机的使用均在我院神经科首开先河。多种神经科疾病（如黑朦性痴呆、格林-巴利综合征等）均由我科领国内同行之先。

     建科初期，在我国神经病学奠基人之一、著名神经病学家王慰曾教授的带领下，神经科即以先进的设备和精湛的技术成为国家神经病学重要临床及教学基地，先后成为国家卫生部神经病学高级师资研修班及江苏省卫生厅神经病学进修培训基地，为我国培养了数以千计的神经病学专业人才，他们现多为我国神经病学界的精英。

     我院目前是南京医科大学附属医院、南京大学医学院教学医院；神经内科是国家教委神经病学博士、硕士学位授予点；江苏省卫生厅、南京市卫生局临床重点专科；江苏省135重点学科建设单位；卫生部神经病学专科医生培训基地，江苏省神经内科专业医疗质量控制中心。多年来，中华医学会江苏省、南京市分会神经病学专科学会主任、副主任委员均来自我院。目前神经内科设有床位192张，分为4个病区 (304，305，306，307病区)，拥有国内具有的所有神经科专用设备，如3.0MRI、DSA、螺旋CT、脑磁图、伽玛刀、肌电图、视频脑电图、TCD、经颅多普勒超声、卒中单元病房等。目前有医护人员107人，其中医生32人，教授、主任医师7人，副教授、副主任医师13人；博士生8名；硕士生13名。

     我院神经内科收治病人数在省内最多，病种最齐全，医生临床经验丰富。常见收治疾病包括：脑血管病、癫痫、锥体外系疾病、认知障碍疾病、中枢神经系统脱髓鞘病、中枢神经系统感染性疾病、周围神经系统疾病，神经遗传病及肌肉疾病等，并已开设专病门诊，患者来自全国各地。每年收治各种神经系统疾病住院患者达4000余例，每日门诊病人达700人次，承担全省及临近省份的疑难病例会诊及干部保健工作，有较高的技术优势，在诊治神经科疑难疾病方面技术领先，在国内专科学术上有较高的地位。